本隊隊長綜理隊務，並設下列各課、中心、人事管理員及會計員： 一、災害預防課。 二、災害搶救課。 三、救災救護指揮中心。 四、人事管理員。 五、會計員。
依據內政部消防署港務消防隊組織通則（以下簡稱本通則）第三條、第五條、第六條 規定明定設置二課、一中心及人事管理員、會計員。
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